有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。
代理记账机构的数量在不断增加，但整体规模普遍较小，代理业务范围不宽。真正能提供受托单位会计核算、税收筹划、纳税申报、内部审计、工商税务注册年检、财税咨询等会计服务的机构很少。
在收费标准上，各家代理记账机构悬殊较大，有些代理记账机构甚至通过低价进行恶意竞争，还有部分代理记账机构自身的经营收入核算不规范，隐匿收入现象也较普遍。
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