提交申请阶段
选定合规认证机构：需挑选经国家认监委批准、具备军工体系认证资质的机构，部分机构还支持国军标与装备承制资格联合审查，可缩短办理周期。
备齐材料并提交：准备《武器装备质量管理体系认证申请书》、营业执照、内审及管理评审报告、军品订单或军方推荐意见书等材料，涉密企业还需补充保密资质证明和保密设施检测报告，所有文件加盖公章后提交至认证机构。
签订认证合同：认证机构审核材料无误、确认符合受理条件后，双方签订合同，明确审核范围、时间、费用等关键事项。
分阶段认证审核阶段
阶段审核：审核组先开展文件评审，核查体系文件是否贴合 GJB9001C 标准，尤其关注军工条款的落地情况；再进行初步现场走访，了解企业基本运营状况，确认是否具备开展第二阶段审核的条件，同时可能与军方用户座谈了解产品相关情况。
第二阶段审核：通常在阶段问题整改完成后 4 个月内开展，属于的现场审核。审核组会深入生产车间、保密室等场所，核查涉密管理、关键工序控制、产品追溯性等情况，抽查各类记录凭证，并验证双归零报告等文件的真实性，确认体系运行的有效性。若审核发现问题，会开具一般或严重不符合项通知。
前期筹备阶段（1 - 3 个月）：这一阶段核心是搭建符合标准的质量管理体系并试运行。若企业原有管理基础较好，1 - 2 个月就能完成体系文件编制、人员培训等工作；基础薄弱的企业可能需 3 个月。且体系必须有效运行满 3 个月，同时完成 1 次内部审核和管理评审，这是申请认证的硬性时间要求，无法缩短。
申请与受理阶段（1 - 2 周）：企业向合规认证机构提交申请材料后，机构会在 5 - 10 个工作日内审核材料的完整性与合规性，确认受理后双方签订认证合同，明确后续审核安排，此阶段耗时相对固定。