香菇生产过程中，培养室和出菇室都需要根据蘑菇的生长需要通风换气，换气到室外新鲜空气，排除蘑菇生长所产生的二氧化碳。
进到菇房的空气温度和湿度，会对菇房的温度和湿度产生很大的影响，室内外温差越大，通风就更容易引起室内环境的不稳定。
南半球，夏季室外空气相对湿度较大，通风会导致菇房内湿度升高，加之食用菌生长温度低于外界温度，高温、高湿的室外空气进入菇房会产生冷凝现象，墙壁、库板表面出现冷凝水会滋生和霉菌。
若出现在接种室、培养室等前段环节，则易造成污染率上升。若在出菇室出现，将导致蘑菇干度下降，影响货架期，甚至严重病害。
夏季，在南方食用菌无菌厂房中，净化车间应减少外部新风的风量，或全部处于内部循环状态，大限度地避免室外高温、高湿空气进入。培养室、出菇房在设计方案时，应考虑新风降温、降湿的问题，如采用集中送风比较容易解决，在新风机增加表冷器，表冷器通过低温的载冷剂。
而在北方，夏季高温对通风的影响仅出现在高气温时期，而南方的影响远不如南方。
通风对食用菌生产的影响主要在北方，室外空气的特点是低温和干燥，而低温干燥空气对冷藏室、种室的影响不大。这主要表现在两个方面：一是低温空气进入培养室，使培养室的部分区域因新风而降低温度，从而引起发菌与出菇不一致。第二，干燥低湿的空气会使菇房的相对湿度达到不能接受的程度。
对较低的新风温度来说，好的解决方法就是进行新风预热，同样，集中送风较容易解决，在新风机内部增加预热装置，如果条件允许，对新风温度进行自动控制。
冬季新风温度低的北方可以通过预热来解决，但预湿的方法并不能解决新风湿度低的问题，主要是湿度大小不容易控制、通风管道受潮后容易滋生等问题。
所以，北方的食用菌生产应特别注意冬季新风湿度小对环境的影响，提前检修加湿设备，备足加湿量，有条件时要使用超声加湿器。
换风前菇房内的湿度要留有适当的余量，防止新风干燥对菇房环境的影响，应采取少通风、勤通风的原则。
冬天北方菇房的排气孔易发生冷风倒灌，造成菇房内排风口附近温度过低，青岛净化车间装修公司一般都会在排气口安装止回装置，但效果并不大。