两者虽然都属于工程类保函，但保障对象、触发场景完全不同。履约保函保障合同正常履行，防止承包方拖延工期、质量不达标；预付款保函专门针对已经拨付的预付款，防范资金挪用。在项目时序上，一般先支付预付款，配套预付款保函；后续进场施工，再提交履约保函。保额设定逻辑不一样，履约保函多按合同总价比例设置，预付款保函通常和预付款等额。
索赔事由也有区分，预付款保函索赔多和款项挪用、项目停滞相关；履约保函索赔集中在质量缺陷、工期延误、拒绝交付等。部分项目会同时要求两份保函，企业要分开规划办理，不能混用。在准备资料的时候，也需要按照保函类型准备对应的合同片段。